Ende der 60-iger Jahre trafen sich in Friedrichshafen Eltern, deren Wunsch nach einer konfessionell ausgerichteten Freien Schule so weit gediehen war, dass sie größte Anstrengungen anstellten, eine neue Schule mit besonderem Profil aufzubauen.

Der Zeitpunkt war günstig, die Finanzierung aufgrund des sogenannten "Aschermittwochgesetzes" aus dem Jahre 1968 ebenso. In diesem Gesetz wurde festgelegt, dass nach der Einführung der christlichen Gemeinschaftsschule im Volksschulbereich, Elternvereinen die Möglichkeit eröffnet wurde, konfessionell gebundene Schulen zu gründen. Das staatliche Angebot konnte also in eine konfessionell ausgerichtete Form umgewandelt werden. So entstand auch der Begriff der Umwandlungsschulen. In Württemberg Hohenzollern gelang es acht katholischen und einem evangelischen Elternverein solche Schulen zu gründen. Nicht einmal drei Jahre vergingen nach dem ersten Zusammentreffen der Initiatoren bis im Sommer 1971 das Vorhaben Bodensee-Schule Wirklichkeit wurde. Aus dem Stand besuchten damals über 500 Kinder die Klassen 1 bis 5. Das ursprüngliche Ziel, die Schule Zug um Zug bis zum 13. Schuljahr auszubauen, wurde Mitte der 70-iger Jahre aus Kostengründen verworfen. Man arbeitete jedoch mit Nachdruck daran, dass zumindest ein mittlerer Abschluss angeboten werden kann. Dies ist seit der Einführung der Werkrealschule in Baden Württemberg im Jahre 1994 auch in der Bodensee-Schule der Fall.

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